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質(zhì)譜法分析蛋白的基本原理是通過電離源將蛋白質(zhì)分子轉(zhuǎn)化為離子，然后利用質(zhì)譜分析儀的電場、磁場將具有特定質(zhì)量與電荷比值（M/Z）的蛋白質(zhì)離子分離開來，經(jīng)過離子檢測器收集分離的離子，確定離子的M/Z值，分析鑒定未知蛋白。
通常結(jié)合相應(yīng)的處理及其他技術(shù)，能夠比較準(zhǔn)確、快速地鑒定蛋白質(zhì)。
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