華南農業大學動物科學學院教授李加琪/張哲團隊聯合丹麥奧胡斯大學助理教授房靈昭、中國農業大學教授丁向東等科研人員在豬大規模復雜性狀遺傳解析方面取得新進展,他們成功構建了豬大規模復雜性狀遺傳解析數據庫PigBiobank(http://pigbiobank.farmgtex.org/)。近日,相關成果發表于《核酸研究》。
精準解析豬復雜性狀對了解動物復雜性狀遺傳調控機制和提高豬群生產性能意義重大。然而,當前以豬復雜性狀為核心的綜合性數據庫匱乏,極大地限制了不同領域科學家對豬復雜性狀遺傳機制的深入探索。
為幫助更多領域科學家精準解析豬復雜性狀,PigBiobank收集了來自全球71885頭豬的264個復雜性狀全基因組關聯分析結果、PigGTEx項目產生的豬34個組織5類分子數量基因座結果、Ensembl等多種來源的豬多組學數據以及UKBiobank等跨物種復雜性狀數據,并對這些大數據資源進行統一的整合分析和可視化,進而形成了以豬復雜性狀為核心的綜合性數據庫PigBiobank。
據了解,當前版本的PigBiobank數據庫中涵蓋了豬復雜性狀相關的豐富的數據,包括:豬264項全基因組關聯研究的1371288個顯著位點、豬34個組織5種分子表型的161680個全轉錄組關聯分析顯著位點、40978個孟德爾隨機化顯著關聯結果、30347個共定位分析顯著關聯結果,以及復雜性狀顯著位點的富集分析和基于統計量的遺傳參數等。
PigBiobank網站提供了包括性狀、基因、基因組變異和基因組區域在內的4類查詢入口和用戶友好的查詢界面,同時還提供PheWAS、Cross-Species comparison等在線分析工具。作為豬遺傳育種領域重要的公共資源和PigGTEx聯盟的重要工作之一,PigBiobank將得到持續的更新,為全球研究者持續提供豬復雜性狀相關的大數據支撐。