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近日鄭春福教授與合作者在Journal of Medical Virology (JMV) 發(fā)表新文章：The binding profile of SARS-CoV-2 with HLA polymorphisms reveals critical alleles involved in immune evasion (SARS-CoV-2與HLA多態(tài)性的結(jié)合譜揭示免疫逃避的關(guān)鍵等位基因)。
由 SARS-CoV-2 引起的 COVID-19 大流行導(dǎo)致數(shù)百萬人死亡。由于病毒新突變和免疫逃避，SARS-CoV-2的傳播力非常迅速。然而，相關(guān)機(jī)制仍不清楚。本研究從T-CoV數(shù)據(jù)庫中獲得SARS-CoV-2變異體與HLA多態(tài)性之間的親和力數(shù)據(jù)。文獻(xiàn)中確定了關(guān)注變體(VOC)的流行病學(xué)數(shù)據(jù)。HLA蛋白序列從 IPD-IMGT/HLA獲得。使用AlphaFold預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，并使用PrankWeb 3預(yù)測HLA分子的結(jié)合位點(diǎn)。結(jié)果獲得了 SARS-CoV-2 毒株與不同 HLA 蛋白的結(jié)合親和力，并鑒定了 31 個(gè)風(fēng)險(xiǎn)等位基因。 隨后的結(jié)構(gòu)預(yù)測確定了這些 HLA 蛋白中的 10 個(gè)可能促進(jìn)免疫逃避的活性結(jié)合位點(diǎn)。 特別地，還發(fā)現(xiàn)與 HLA I 類多態(tài)性的弱結(jié)合能力可能有助于 Omicron 的免疫逃避。總之，本研究重點(diǎn)關(guān)注 HLA 多態(tài)性與 SARS-CoV-2 毒株的結(jié)合親和力及其與 SARS-CoV-2 免疫逃避的關(guān)系。 研究結(jié)果對于防止 SARS-CoV-2 的免疫逃避具有重要意義，并為疫苗設(shè)計(jì)提供了新的見解。
圖1. 不同SARS-COV2毒株與蛋白質(zhì)結(jié)合的HLA等位基因的累積數(shù)量.
圖2. HLA分子結(jié)合SARS-COV2肽
圖3. S蛋白在VOC中的結(jié)合親和力變化.
圖4. 風(fēng)險(xiǎn)等位基因種族差異的篩查和分析。
圖5. 關(guān)鍵多態(tài)性結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測.
圖6. Omicro不同分支的HLA多態(tài)性及免疫逃避.
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